Avant l'avènement de l'agriculture et de l'élevage, l'être humain ne disposait que d'aliments sauvages d'origine animale et végétale, consommés sous forme naturelle ou très peu transformée. Le régime alimentaire était le fruit direct de l'écosystème et des saisons, et chaque aliment conservait intactes ses caractéristiques nutritionnelles originelles. Avec la domestication des plantes et des animaux, ces qualités ont commencé à se modifier : d'abord de manière presque imperceptible, puis de façon de plus en plus marquée, notamment avec le progrès technologique accéléré par la Révolution industrielle (Cordain et al., 2005) [7].
Cette période représente une rupture nette dans l'histoire évolutive de notre alimentation. De nouveaux aliments sont introduits et, surtout, des techniques de transformation se développent, permettant des combinaisons de nutriments et de calories jamais expérimentées par l'Homo sapiens au cours de son histoire. Il ne s'agit pas seulement de nouvelles saveurs ou préparations, mais de véritables modifications de la structure nutritionnelle des aliments : les céréales raffinées, les sucres simples, les graisses hydrogénées et les produits de longue conservation deviennent partie intégrante de l'alimentation quotidienne, altérant l'équilibre entre macronutriments et micronutriments qui avait caractérisé des millions d'années d'évolution.
La comparaison entre les régimes pré-agricoles et post-agricoles met en évidence deux aspects cruciaux. Premièrement : les chasseurs-cueilleurs avaient accès à une gamme d'aliments ne subissant aucun processus industriel, avec un équilibre entre protéines maigres, graisses insaturées, fibres et glucides complexes à faible indice glycémique. Deuxièmement : les aliments introduits avec l'agriculture, l'industrialisation et les technologies avancées présentent des caractéristiques nutritionnelles que l'homme n'aurait pas pu consommer régulièrement avant ces révolutions, et auxquelles notre métabolisme n'a pas eu suffisamment de temps pour s'adapter (Cordain et al., 2005) [7].
Cette « discordance évolutive », le fossé entre notre patrimoine génétique et le nouvel environnement nutritionnel, est aujourd'hui reconnue comme l'un des principaux facteurs à l'origine des maladies chroniques de civilisation. Les transformations survenues après le Néolithique et l'ère industrielle ont profondément modifié au moins sept paramètres clés de l'alimentation : la charge glycémique, le profil des acides gras, la composition des macronutriments, la densité en micronutriments, l'équilibre acido-basique (condition de stabilité dans laquelle le corps maintient le pH du sang et des fluides corporels dans une plage optimale), le rapport sodium/potassium et la teneur en fibres. Chacun de ces changements a eu un impact direct sur le métabolisme, le système immunitaire et la régulation hormonale, favorisant des pathologies telles que la résistance à l'insuline, l'inflammation chronique et l'hypertension.
En résumé, le passage de l'alimentation sauvage à l'alimentation agricole, puis industrielle, n'a pas représenté seulement une évolution technologique, mais un véritable changement de paradigme nutritionnel. Le problème n'est pas seulement « ce que » nous mangeons aujourd'hui, mais à quel point ces aliments diffèrent de ceux pour lesquels notre organisme a été conçu.